Kjoto je postao glavni grad Japana krajem VIII veka. Carska porodica je tu boravila sve do 1868 kad je car Meidži prestonicu preselio u Edo I nazvao ga Tokio (u prevodu Istočna carska prestonica). Krajem II svetskog rata većina japanskih gradova je žestoko bombardovana i paljena, ali Kjoto je iz nekog razloga ostao pošteđen.